Isak Samokovlija je rođen u Goraždu, tada dijelu Austro-Ugarskog carstva, 3. septembra 1889. Njegova porodica se doselila iz Samokova u Bugarskoj, po čemu su dobili prezime Samokovlija. Nakon djetinjstva provedenog u Goraždu, odlazi u Sarajevo i završava gimnaziju, te studira medicinu u Beču.
Za vrijeme Prvog svjetskog rata dva puta je služio u austrougarskoj vojsci. Po završetku Prvog svjetskog rata 1918. godine obavlja ljekarski staž u Narodnoj bolnici u Sarajevu.
Nakon studija, radio je kao doktor u Goraždu, Fojnici i Sarajevu. Svoju prvu pripovijetku “Rafina avlija” objavljuje 1927. a dvije godine kasnije izlazi i prva zbirka pripovijetki “Od proljeća do proljeća” u izdanju Grupe sarajevskih književnika.
Početak Drugog svjetskog rata dočekuje u bolnici Koševo u Sarajevu gdje je bio šef jednog odjeljenja. Ubrzo dobija otkaz i biva prinuđen nositi žutu traku s Davidovom zvijezdom, kojom su nacisti obilježavali sve Židove. Nakon uspostave Nezavisne Države Hrvatske u 1941. godine, razriješen je službe bez prava na penziju i uzdržavanje i bez prava žalbe.
Ubrzo je zatvoren d strane ustaša, te kasnije prebačen u izbjeglički logor na Alipašinom mostu u Sarajevu.Bio je upravnik ambulante u sklopu logora. U proljeće 1945. uspijeva pobjeći od ustaša koji su ga prinudno vodili sa sobom, te se krio sve do završetka rata.
Nakon Drugog svjetskog rata bio je načelnik Odjeljenja za zdravstvenu prosvjetu Ministarstva javnog zdravstva Narodne Republike Bosne i Hercegovine u Sarajevu. Zajedno sa grupom doktora entuzijasta osnovao je i uređivao prvi bosanski medicinski časopis Život i zdravlje. U tom časopisu dr Samokovlija je objavio 29 članaka zdravstveno-obrazovnog sadržaja.
