Papa Franjo je naznačio da će Crkvu voditi drugačije od svojih prethodnika odmah nakon svog izbora, kada je stao pred vjernike u jednostavnim bijelim haljinama. Skromnost mu je bila vodeći princip u životu, a on je odlučno odbacio pompu i luksuz. Kada je, nakon ostavke Benedikta XVI, preuzeo vlast nad Crkvom, bila je opterećena brojnim krizama, od otkrivanja seksualnog zlostavljanja djece od strane svećenika do finansijskih skandala.
Franjo je na početku svog pontifikata najavio reformu Rimske kurije, sjedišta Katoličke crkve s gotovo 3.000 zaposlenih, koju je završio 2023. Reorganizirao je dikasterije i donio revolucionarnu odluku da svaku vatikansku službu mogu voditi kršteni laici, prvenstveno muškarci i žene, koji su prethodno bili rezervirani za muškarce i žene. Tokom njegovog pontifikata, broj žena zaposlenih u Vatikanu značajno se povećao.
Poduzeo je transparentnost u finansijama Vatikana, smanjio plaće kardinalima
On se također osvrnuo na transparentnost finansija Vatikana nakon što je Vatikan u prošlosti bio kritikovan zbog kontroverznih finansijskih poslova i rasipanja novca vjernika. Uvođenje savremenih metoda u pogledu korištenja sredstava i postupanja sa donacijama naišlo je na rezerve u pojedinim dijelovima Kurije. U sklopu mjera štednje, naredio je i smanjenje plaća kardinalima i smanjio budžet za vatikanske medije.
Borba protiv seksualnog zlostavljanja djece
Franjino pontifikat obilježila je i odlučna borba protiv seksualnog zlostavljanja djece, koja godinama potresa Rimokatoličku crkvu. 2014. godine osnovao je komisiju za zaštitu djece. Prije nekog vremena priznao je da u kuriji još uvijek ima protivnika njegove borbe na ovim prostorima.
Neki konzervativni predstavnici u Crkvi snažno su se opirali progresivnim papinim potezima. Pokojni George Pell, bivši Franjin pouzdanik, navodno je podijelio memorandum svojim kolegama kardinalima 2022. u kojem je Franjin pontifikat nazvao katastrofom.
Konzervativni kardinali i nadbiskupi optužili su Franju da stvara zabunu ublažavanjem pravila o pitanjima kao što su istospolna orijentacija i ponovni brak nakon razvoda, te da se, između ostalog, previše fokusira na probleme poput klimatskih promjena i ekonomske nejednakosti.
